No se tiene constancia plena de la formación y evolución del Coton de Túlear, pero su parecido con ciertas razas europeas de tipo Bichon ha producido varias teorías.

Una de dichas teorías afirma que son el producto de los cruces entre los perros oriundos de Madagascar y ejemplares ratoneros llegados accidentalmente a la Isla después de un naufragio. Como quiera que para algunos estudiosos tal posibilidad raya la fantasía, éstos han desarrollado otra: que a partir de la llegada de los europeos con sus perros a la "isla roja", nombre que recibe por el color de su tierra, se iría creando paulatinamente, separada de los perros de origen. Bien es posible que ninguna de estas teorías excluya a la otra y que a la isla llegaran perros procedentes de Europa tanto de manera casual como acompañando a los colonos de esta gran isla situada en el Océano Índico.

Ya en 1650 es constatada por Etienne de Flacourt, geógrafo enviado como gobernador de Fort-Dauphin, la presencia en la isla de unos pequeños perros blancos, con el morro largo y las patas cortas, cuyo tamaño era semejante al de un zorro. Ni que decir tiene que al principio la raza no poseía una imagen tan refinada, básicamente porque eran utilizados para la caza de gran variedad de especies, entre las que se encontraban las crías de cocodrilo; como ya hemos visto, tampoco tenían el tamaño actual eran más grandes.

El Viejo Continente conoció a este pequeño perro cuando Madagascar dejó de ser colonia francesa y los, hasta ese momento, habitantes isleños regresaron, con sus perros malgaches, a su país de origen. Ahí es donde fueron cambiando sus aptitudes (abandonó definitivamente sus costumbres cinegéticas) y aspecto externo (se redujo el tamaño y se fomentó la sofisticación en el acicalamiento) hasta conseguir el perro que hoy conocemos.

Hubo que esperar un tiempo hasta que fuera reconocido oficialmente por la FCI, privilegio que alcanzó en 1971. Desde ese momento es una raza que no ha dejado de atravesar fronteras, donde siempre encuentra alquien que se prenda de él, si bien es en Francia donde tiene un reconocimiento extraordinario.